Γεννήθηκε στην Αμαθούντα της Κύπρου, επί της βασιλείας του Ηρακλείου (615 μ.Χ.) και ήταν υιός ευσεβών γονέων, του άρχοντα Επιφανίου και της Ευκοσμίας. Όταν μεγάλωσε, νυμφεύθηκε και απέκτησε παιδιά, τα ανέθρεψαν «ἐν παιδείᾳ καί νουθεσίᾳ Κυρίου» αλλά γρήγορα η γυναίκα και τα παιδιά του απέθαναν. Μετά την οδυνηρή αυτή στέρηση, αφιέρωσε την ζωή του στον Θεό και στη διακονία των συνανθρώπων του.
Ο Ιωάννης είχε μεγάλη περιουσία και ενώ είχε πολλές προτάσεις να δημιουργήσει νέα οικογένεια, τις απέρριψε όλες, απαντώντας: «Νομίζω, προς όλους είμαι οφειλέτης. Και δεν το νομίζω μόνο. Είμαι. Διότι οι χριστιανοί έχουμε αλληλεγγύη. Δεν το λέει ο Παύλος; «Εἴμεθα μέλη ἀλλήλων». Αφού, λοιπόν έχω τη δυνατότητα να δώσω στους αδελφούς μου, άρα είμαι και υποχρεωμένος να δώσω. Να γιατί εργάζομαι και δεν θα πάψω να το κάνω. Η περιουσία μου δεν μπορεί να είναι ανώτερη από αυτά τα χρέη μου».
Το 610 άρχοντες και λαός της Αλεξάνδρειας καλούν τον Ιωάννη να ανέβει στον πατριαρχικό θρόνο. Ο αυτοκράτορας διατάσσει «καὶ ἄκοντα πρὸς τὸν θρόνον ἀναγαγεῖν τὸν Ἰωάννην», και άμεσα τον οδήγησαν στο θρόνο χωρίς τη θέλησή του. Μόλις χειροτονήθηκε, έστειλε τους οικονόμους της Εκκλησίας και τους κληρικούς να καταγράψουν τους φτωχούς και ζητιάνους, που αποκαλούσε «κυρίους και δεσπότας του». Πίστευε ότι με την ευσπλαχνία προς αυτούς, ο Θεός μας βοηθεί να κερδίσουμε την βασιλεία Του. Περισσότεροι από 7.500 φτωχοί καθημερινά είχαν τροφή και στέγη. Οι άφθονες ελεημοσύνες του έδωσαν την επωνυμία ΕΛΕΗΜΩΝ. Έδινε αδιακρίτως σε καλούς και κακούς, άξιους και ανάξιους. Μία ημέρα ένας φτωχός που πήρε βοήθεια, παρουσιάστηκε μεταμφιεσμένος άλλες τρεις φορές. Όταν το έμαθε ο άγιος είπε να του δώσουν δύο φορές περισσότερα λέγοντας: «Ίσως να είναι ο Χριστός, ο Σωτήρας μου, που έρχεται να με δοκιμάσει». Όσο έδινε ελεημοσύνη τόσο ο Θεός πολλαπλασίαζε τις δωρεές που δίνονταν στην Εκκλησία. Οργάνωσε το φιλανθρωπικό έργο κτίζοντας νοσοκομεία, πτωχοκομεία, ξενώνες, μαιευτήρια, ορφανοτροφεία, συσσίτια κι ένα πλήθος άλλα έργα αγάπης.
Το 614 οι Πέρσες κατέλαβαν τα Ιεροσόλυμα και μεγάλος αριθμός προσφύγων έφτασε στην Αλεξάνδρεια. Ο άγιος Ιωάννης τους δέχτηκε, τους ανακούφισε και με τους πόρους της Εκκλησίας τους έθρεψε. Έστειλε τρόφιμα και σιτηρά στην Παλαιστίνη και εργάτες για να κτίσουν τις κατεστραμμένες εκκλησίες. Ο ιστορικός και ακαδημαϊκός Κ. Άμαντος γι’ αυτό το έργο του Αγίου αναφέρει «Περιέθαλψε τους πρόσφυγας κατά τρόπον μοναδικόν, άγνωστον μέχρι τότε εις την ιστορίαν». Ως Πατριάρχης διέπρεψε και ακτινοβολούσε ως πνευματική λυχνία, φροντίζοντας την κατήχηση του ποιμνίου του. Ήταν πράος, ταπεινός και ανεξίκακος, αγαπούσε ιδιαίτερα τους μοναχούς και ζούσε με αυστηρότητα και άσκηση. Αναδείχθηκε και δόκιμος εκκλησιαστικὸς συγγραφέας. Είχε καταστεί τόσο σεβάσμιος, ώστε και αυτοί οι ειδωλολάτρες τον σέβονταν. Μετά από ταξίδι στην Κωνσταντινούπολη, έλαβε μήνυμα ότι ο Βασιλεύς των Βασιλέων τον καλεί κοντά Του. Ο άγιος επιστρέφει στην Κύπρο, όπου παρέδωσε ειρηνικά την μακαρία ψυχή του στο Θεό το 619 μ.Χ., εφαρμόζοντας το: «Μακάριοι οἱ ἐλεήμονες, ὅτι αὐτοὶ ἐλεηθήσονται» (Ματθ. ε'7).
Στη διαθήκη του, ένα κείμενο σύντομο, αναφέρει τα εξής: «Σ’ ευχαριστώ, Κύριε και Θεέ μου, γιατί με αξίωσες, τα δώρα που Συ μου έδωσες, να σου τα προσφέρω πίσω. Σ’ ευχαριστώ, ακόμη που άκουσες την προσευχή μου και στην κατοχή μου τώρα που πεθαίνω δεν έμεινε παρά «εν τρίτον νομίσματος», το οποίον προστάζω να δοθεί στους φτωχούς αδελφούς μου. Όταν με τη χάρη του Θεού έγινα επίσκοπος της Αλεξάνδρειας, βρήκα στα ταμεία της επισκοπής μου οκτώ χιλιάδες περίπου λίτρες χρυσού. Με τις γενναιόδωρες προσφορές φιλόχριστων ανθρώπων, κατόρθωσα να συγκεντρώσω αμύθητα ποσά. Τα ποσά αυτά, επειδή ήξερα, πως είναι δώρα του βασιλέα των όλων Χριστού, τα επέστρεψα με επιμέλεια και προσοχή στον Θεό, στον οποίο και ανήκουν. Σ’ Αυτόν παραδίδω τώρα και την ψυχή μου».
Ταῖς πρεσβείαις τοῦ ἁγίου Ἰωάννου τοῦ ἐλεήμονος,
Χριστὲ ὁ Θεός, ἐλέησον ἡμᾶς.
Ἀπολυτίκιον. Ἦχος πλ. δ’.
Ἐν τῇ ὑπομονῇ σου ἐκτήσω τὸν μισθόν σου Πάτερ, Ὅσιε, ταῖς προσευχαῖς ἀδιαλείπτως ἐγκαρτερήσας, τοὺς πτωχοὺς ἀγαπήσας, καὶ τούτοις ἐπαρκέσας· Ἀλλὰ πρέσβευε Χριστῷ τῷ Θεῷ, Ἰωάννη Ἐλεῆμον μακάριε, σωθῆναι τὰς ψυχὰς ἡμῶν.
Κοντάκιον. Ἦχος β’. Τὰ ἄνω ζητῶν.
Τὸν πλοῦτον τὸν σόν, ἐσκόρπισας τοῖς πένησι, καὶ τῶν οὐρανῶν, τὸν πλοῦτον νῦν ἀπείληφας, Ἰωάννη πάνσοφε· διὰ τοῦτο πάντες σε γεραίρομεν, ἐκτελοῦντες τήν μνήμην σου, τῆς ἐλεημοσύνης ὦ ἐπώνυμε.
Ἐκ τῆς Ἱερᾶς Μονῆς